MEI soporta una sencilla integración con cualquier aplicación basada en los estándares PKCS#11 o MS CAPI, no es necesario ningún trabajo de desarrollo. Aplicaciones compatibles pueden almacenar certificados digitales y claves privadas, generar pares de claves RSA/DSA , llevar a cabo firma digital y funciones de autenticación, encriptar y desencriptar datos con MEI. Internet Explorer, Outlook, Outlook Express, Netscape Navigator y Netscape Messenger son aplicaciones compatibles con los estándares PKI.